Desde 2011, a SBCD conta com duas Diretorias: a Diretoria da Sociedade, eleita em chapa vinculada, por voto individual e secreto de cada associado, e a Diretoria do Congresso Brasileiro de Cirurgia Dermatológica, eleita pelos integrantes do Conselho Deliberativo. Portanto, desde 2011, não é mais de responsabilidade da Diretoria da SBCD a organização e o planejamento orçamentário do Congresso, sendo essas atribuições competência da Diretoria própria do evento. No entanto, Presidente, Tesoureiro e demais integrantes da Diretoria da SBCD participam e contribuem com todo o processo, de modo a alinhar a atuação da Sociedade e de seu principal evento.